随着陈化粮食逐步消耗殆尽和玉米价格节节攀升，考虑到玉米乙醇的发展对国家的粮食安全的威胁，国家2006年起停止新批玉米燃料乙醇企业，并大力鼓励发展非粮食作物为原料开发燃料乙醇。 
    为了能在更大规模、更大范围内替代石油资源，在发展传统乙醇产业的同时，我国目前正在积极支持纤维乙醇的开发和产业化工作。国内第一条3000吨／年的纤维乙醇产业化中试线将在天冠集团建成。中粮集团黑龙江500吨/年纤维素乙醇试验装置也投料试车成功，这是世界上首次将连续汽爆技术用于纤维素制乙醇的装置。吉林燃料乙醇有限公司正在建设3000吨／年纤维素乙醇生产装置，准备今年投产。 
    在积极推进燃料乙醇开发的同时，国家还努力倡导生物柴油的研发。目前全国有20多家企业正在进行生物柴油生产，生产能力约为30万吨。近年来，在双低油菜与杂种优势利用的结合上达到国际领先水平，在油菜、油葵等主要作物上已开发出高含油量种子，含油量高达51.6%。还开发了麻疯树果实、黄连木籽以及利用季节性闲地种植油菜等生产生物柴油技术，初步具备了产业化发展的条件。 
    我国在生物燃料产业发展还存在着一些问题。一是自主研发能力弱；二是成本较高；三是投入严重不足。但是，在石油枯竭时代，我国完全有条件进行生物能源和生物材料规模工业化和产业化，到2020年有望形成万亿元产值规模。